Vous avez des conflits récurrents lors des merge et vous voulez les corriger une bonne fois pour toute.
La première chose à faire est de configurer la variable rerere.enabled.
git config --global rerere.enabled 1
Ensuite ? Vous laissez faire git. Il va automatiquement enregistrer les conflits et leurs résolutions pour refaire la même chose automatiquement.
Aux prochains git pull --rebase ou aux git merge, plus besoin de réappliquer le même correctif.
Si vous avez enregistré une mauvaise résolution, vous pouvez utilisez git rerere forget.
Et pourquoi rerere ? C'est l'abbréviation de Reuse recorded resolution.
git help rerere
http://progit.org/2010/03/08/rerere.html